Фонд за заштиту животне средине, обавља послове управљања пројектима и финансијског посредовања у области очувања, одрживог коришћења, заштите и унапређења животне средине, као и у области енергетске ефикасности и коришћења обновљивих извора енергије а у склaду са националним програмом заштите животне средине и другим стратешким плановима и програмима, као и закљученим међународним уговорима.

Закон о заштити животне средине у својим одредбама прецизира области улагања средстава Фонда а поред тога приоритетни циљеви за финансирање су одређени и Средњорочним планом Фонда. У те циљеве спадају:

• управљање отпадом по савременим принципима,
• подстицање чистије производње,
• заштита и побољшање квалитета ваздуха, воде, земљишта, шума, и ублажавање климатских промена,
• заштита и одрживо коришћење природних добара,
• повећање енергетске ефикасности и коришћење обновљивих видова енергије.

Приходи Фонда су у протекле готово три године остваривани од накнада за промет дивље флоре и фауне, а на основу Уредбе о стављању под контролу коришћења и промета дивље флоре и фауне  из 2005., и од накнада заснованих на принципу «загађивач плаћа», односно Уредбе о врстама загађивања, критеријумима за обрачун накнаде за загађивање животне средине и обвезницима, висини и начину обрачунавања и плаћања накнаде  такође усвојеној у 2005. години.

У складу са чланом 89. Закона о Заштити животне средине, финансирање из наменских средстава буџета и средстава међународне финансијске помоћи врши се преко Фонда за заштиту животне средине. Фонд је покренуо активности на успостављању сарадње са другим инвеститорима и донаторима за област заштите животне средине.

Фонд је законом основан као независно правно лице и систематизован је у три сектора: сектор за управљање пројектима и међународну сарадњу, сектор за финансије и финансијски надзор, и сектор за правне и опште послове и посебно организовану групу за вођење база података.